| 目前对慢性肾炎的病因和发病机理尚未完全了解，临床上只有15％－20％左右的急性肾炎发展成为慢性肾炎，多数慢性肾炎并无急性肾炎的病史。有人认为急性肾炎与慢性肾炎是同一种疾病，慢性肾炎是由急性肾炎演变而来的。其根据是：常因为患急性肾炎，未及时彻底治疗链球菌感染灶，演变成慢性肾炎。慢性扁桃腺炎、慢性副鼻窦炎、反复发作 的脓皮病、丹毒等可成为慢性肾炎的病因。所以强调必须彻底治疗及清除感染病灶，以防后患。
但大部分的急性肾炎与慢性肾炎之间无固定的因果关系，可能与其它细菌、寄生虫（如三日疟原虫）、病毒有关，如已证实慢性肾炎与乙型肝炎病毒有关。某些药物可致慢性肾炎，如止痛剂直接对肾脏起作用，或药物成为抗原或半抗原使肾脏逐渐形成免疫反应而成肾炎状态。还有某些自身免疫性疾病，如红斑狼疮等，病变常波及肾脏而表现有慢性肾炎症状。总之，慢性肾炎多数在起病时即是慢性肾炎的病理变化，仅有少数由急性肾炎反复发作而发展为慢性肾炎。
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